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Depending on the quality of the data, you may want to turn off the read filtering by the option --nrf.

Note the double dashes -- ; GEM does not accept single dash parameters. Some parameters are required:. As version 2. This works well, but it is not optimal.

We are developing a new version that explicitly models the paired-end data, which should give more accurate results. What if GEM finds wrong motif?

Clearly, GEM's binding call accuracy is depending on finding the correct primary motif. Some times a co-factor motif may be more statistically significant in the data, and it is subsequently used to direct the binding calls.

There are several alternative options to try: If you know the consensus motif of the TF, use --seed option to set a starting k-mer for the motif discovery process.

This may be useful for TF that binds in CG-rich promoter regions e. Multi-condition v. Multi-replicates GEM can analyze binding data from multiple conditions time points simultaneously.

GEM will combine the replicates as one large dataset for analysis. Read filtering and event filtering PCR amplification artifacts typically manifest as the observation of many reads mapping to the exact same base positions.

These artifacts are quite variable and dataset-specific. Therefore, a generic approach to exclude those regions might result in the loss of true events.

GEM implements an event filtering method by comparing the read distribution of the predicted event to the expected event read distribution.

A higher score means the event is more divergent from the expected read distribution, hence more likely to be artifact or noise.

A cutoff score can be specified by user to filter out spurious events using option --sd. GEM reports the filtered events, hence allows the user to verify and adjust cutoff threshold for a particular dataset.

The shape deviation filter is on by default, but can be turned off using option --nf. In addition, GEM also applies a Poisson filter for abnormal high read count at a base position.

The estimated value is used to set Lambda parameter of Poisson distribution. GEM has following features: Exceptionally high spatial resolution on binding event prediction aka peak calling Highly accurate de novo motif discovery Resolves closely spaced less than bp homotypic events that appear as a single cluster of reads Enables analysis of spatial binding constraints of multiple transcription factors, for predicting TF dimer binding sites, enhanceosomes, etc.

Download Download, unzip, and run You can use a set of preliminary peak calls by running other tools on your data java -Xmx1G -cp gem.

Input and output GEM takes an alignment file of ChIP-seq reads and a genome sequence as input and reports a list of predicted binding events and the explanatory binding motifs.

If you have an error related to FileReadLoader, please do the following: Send me a few example lines and the version of the aligner software , I will update it in the next release.

A quick fix is to convert the read alignment file into BED format, and then try again. Note that the chromosome name should match those in the " --g " genome.

Header line 2, KSM version number. Header line 3, e. Header line 4, e. The k-mer sequence and its reverse complement Cluster Cluster ID of the k-mer set Cluster 0 is the primary motif, i.

Some parameters are required: Required parameters Detailed information --d [path] The path to the read distribution model file --exptX [path] The path to the aligned reads file for experiment IP.

X is condition name. In multi-condition alignment mode, X is used to specify different conditions. The Going the Extra Mile GEM Project is committed to help move people closer towards education, training, volunteering or work, including self-employment.

This programme will reconnect people with their local services through their communities and ultimately help them achieve their desired outcome, whether through a working or educational related route.

The GEM Project understands that everyone is unique, with different needs and requirements, impacting on their step into the world of employment, education or training.

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